Hämmäauteensuo on harvinainen suoluontokohde Etelä-Karjalassa. Lappeenrannan kaupungin omistama osa suosta on luonnonsuojelualuetta ja kuuluu valtakunnalliseen soidensuojeluohjelmaan. Luonnonsuojelualue on laajuudeltaan noin 30 hehtaaria. Suon eteläosan viereiset, noin 11 hehtaarin laajuiset alueet kuuluvat METSO-suojeluohjelmaan. METSO-alueen vanhat kuusikot, joissa on myös järeitä haapoja, soveltuisivat hyvin esimerkiksi liito-oravan elinympäristöksi. Uhanalaisista lajeista ei kuitenkaan ole merkintöjä. Kosteikot ovat uhanalaisia ekosysteemejä. Kosteikkoja suojellaan luonnon erityisyyden, tutkimuksen, opetuksen, kulttuuriperinnön, virkistyksen ja elämysten takia. Luonnontilaiset suot ovat myös tärkeitä hiilinieluja. Niihin on varastoitunut hiiltä tuhansien vuosien ajalta. Ensimmäiset suot Etelä-Karjalassa syntyivät mannerjäätikön sulamisen yhteydessä noin 10 000 vuotta sitten. Tuolloin merestä kohoava maa soistui, kuten muuallakin Suomessa. Nykyään vastaavanlaista soistumista on meneillään enää Pohjanlahden rannikolla, Merenkurkun alueella. Yleisin suon syntytapa on metsämaan soistuminen painanteissa, joissa pohjavesi yltää lähelle maanpintaa. Juuri tällä tavoin muun muassa Hämmäauteensuo on syntynyt. Soita syntyy myös vesien kasvaessa umpeen joko pinnan myötäisesti, esimerkiksi kelluvien rahkasammallauttojen peittäessä pintaa, tai pohjanmyötäisesti, esimerkiksi ranta- ja vesikasvien leviämisen myötä. Näin voi käydä matalissa ja pienissä lammissa.